O HEAB possui uma das maiores enfermarias de clínica médica da região de Araraquara,  dispondo de 60 leitos para internação de usuários com doenças clínicas. Dentre eles, existem 8 leitos para cuidados semi-intensivos, 10 leitos em quarto individual, com antecâmara e pressão negativa, para tratamento de doenças infectocontagiosas de transmissão respiratória, como tuberculose e meningite, uma enfermaria vocacionada para o atendimento de usuários em cuidados paliativos e leitos para usuários em programa de reabilitação neurológica após episódio de acidente vascular encefálico.

O corpo clínico do HEAB responsável pela evolução e prescrição dos pacientes das enfermarias é composto por médicos de diferentes especialidades, como cardiologia, geriatria, hematologia, infectologia, reumatologia, nefrologia, clínica médica, neurologia, entre outras.
A possibilidade de trabalho em equipe, com cada profissional colaborando com seu ponto de vista na condução dos casos, ajuda nas complexas tarefas da investigação diagnóstica e do manejo clínico. A enfermaria conta também com as interconsultas realizadas pelos médicos colaboradores do AME.
Diante do contexto da integralidade da atenção ao usuário, preconizada pelo SUS, a enfermaria abriga o programa Insitucional, “Guardiões da Saúde”, que através de uma avaliação multiprofissional, permite que sejam identificadas demandas que impactam no processo de saúde-doença dos usuários. Na rotina da enfermaria há uma grande interação entre os profissionais envolvidos na assistência, como equipe médica, equipe de enfermagem, fisioterapia, fonoaudiologia, nutrição, farmácia, serviço social, terapia ocupacional e psicologia, buscando sempre a integralidade do cuidado.
Segundo esta lógica elabora-se a programação de alta hospitalar, com as articulações  necessárias com a rede assistencial de forma a garantir a continuidade da assistência após o término da internação. Esta atenção diferenciada que os usuários encontram no HEAB é frequentemente reconhecida na Pesquisa de Satisfação do Usuário, com altos níveis de satisfação dentre aqueles atendidos nas enfermarias.
O acesso para internação nas enfermarias clínicas se dá por meio do encaminhamento de solicitação de vaga via regulação médica de urgência e avaliação do caso pelo médico plantonista da Sala de Estabilização Clínica (SEC), que irá responder à solicitação de vaga de acordo com protocolo de resposta estabelecido e disponibilidade de leitos vagos. Após aceito o caso, o usuário é encaminhado do local de origem à SEC, onde é feita a avaliação e são tomadas as medidas iniciais de investigação diagnóstica e tratamento.
Depois desta etapa, se indicada a internação, transfere-se o usuário para a enfermaria, Semi-intensivo ou UTI, de acordo com a condição clínica identificada. A demanda por atendimento tem aumentado no último semestre e a enfermaria tem se mantido com ocupação próxima da totalidade dos leitos nos últimos meses. Questões ligadas à falta de agilidade da rede assistencial dos municípios da região, como demora na liberação de oxigenoterapia domiciliar e dificuldades com transporte de usuários de alta hospitalar impactam na rotatividade dos leitos da enfermaria. Outro aspecto que impacta nesta rotatividade é a dificuldade de transferência de usuários portadores de patologias cuja complexidade excede a de um hospital secundário, porém as referências terciárias muitas vezes encontram-se superlotadas e o fluxo previsto não ocorre como deveria, especialmente para casos de oncologia.
Com o início da Gestão da Qualidade, começaram a ser elaborados protocolos clínicos e processos de trabalho de forma a adequar a assistência aos usuários em padrões internacionais de qualidade e que priorizem a segurança do usuário e do colaborador. Diante deste desafio contasse cada vez mais com a motivação dos colaboradores para que a assistência aos usuários seja a melhor possível e que tenhamos um ambiente de trabalho seguro e agradável.