Bandeiras são símbolos de grande importância na representação de nações, estados, cidades ou instituições. Ao completar 60 anos de atividades, a FMRP-USP decidiu criar uma bandeira que a pudesse representar em datas comemorativas ou eventos institucionais.
Na sua proposta obedeceu-se à concepção de nela incluir o tradicional brasão da Unidade, tal como ocorre, por exemplo, em Universidades seculares como Harvard e Yale, nos Estados Unidos. Nesse brasão, a águia é a expressão de força, agilidade, elegância, capacidade de voo e visão aguçada. A espada lembra o brasão do Estado de São Paulo e exprime nossa filiação à Universidade de São Paulo; o bastão com a serpente de Esculápio é considerado um emblema da medicina. O brasão traz ainda o lema: “SCIENTIA TERMINUM AMOVERE”, ou seja, com base no conhecimento, expandir limites e fronteiras. É uma manifestação de crença no conhecimento como instrumento para reduzir as limitações humanas e, de algum modo, na vitória da ciência médica na luta contra as doenças.
Com essa concepção, contratou-se uma empresa de comunicação visual para desenvolver diferentes opções de bandeira, que foram disponibilizadas pela internet para que docentes, alunos e servidores da FMRP se manifestassem sobre essas opções. As três propostas mais votadas foram submetidas à Congregação da Unidade, que referendou àquela que foi majoritariamente escolhida pela comunidade.
Para  que a bandeira fosse inaugurada oficialmente, foi necessário construir mais dois mastros em frente ao prédio central, mantendo o estilo do já existente, para poder acomodar essa bandeira, juntamente à bandeira do Brasil e do Estado de São Paulo. Ela fará parte dos eventos institucionais e espera-se que ela possa se perpetuar como um símbolo reconhecido e respeitado da FMRP-USP.